Ultraääntä voidaan käyttää laajalti eläinlääkinnässä eri ongelmien diagnosoinnissa. Sillä nähdään tarkasti pienetkin muutokset pehmytkudoksissa, kuten jänne- ligamentti ja lihasvammat. Myös nivelmuutokset on ultralla aiemmin havaittavissa kuin röntgentutkimuksella. Sillä voidaan tutkia esimerkiksi nivelrustojen tasaisuutta, polven kierukkavammoja, selän ja kaulan fasettinikamia ja lannerangan välilevyjä, SI-liitosta, karpaalikanavan ongelmia ja leukanivelen muutoksia.
Ortopedisten ongelmien lisäksi ultraäänellä voidaan tutkia mm. vatsaonteloa, ja kiimankiertoa.